在分別看完對各門科學心象的命題構成後，我們回到《波三探》第六問第一題集中討論各門科學明證運算的方法特徵。本題問題為：「在自然科學中是否應依據質測法；在數學中依據習取法；在神學中依據通幾法1？」也就是在一題中囊括三個問題，並開出三重答辯。值得注意的是，此問題中所用「依據」（versari）一字原意為「被轉動」（to be kept turning）或「寓居」（dwell），也就是在明證運算裡面命題組成的「轉動」特徵。
首先我們針對第一重答辯：「在自然科學中是否依據質測法？」進行分析。關於質測的翻譯。其實筆者譯為「質測」是參考明儒方以智的《物理小識》2，下面幾節的神學方法譯為「通幾」也是參考此文。方以智時值基督教傳教士訪華，為本國學者帶來大量西學譯述，其中思想主體即為經院主義（scholasticism）。阿奎那作為經院主義的大師，他的物理學和形上學（神學）的思想也成為傳教士向中國學者引介的內容之一。方以智就在這些西學譯述的影響下，反芻並發展自己的思想，《物理小識》中所謂質測通幾就這西學影響的顯著痕跡。用方以智反芻西學物理學和形上學（神學）的關係後自己所用的語詞來反譯原文，有相得益彰之妙。就西文而言，「質測」（rationabiliter）原意為「理性地」，或是「理性模態」（mode of reason）。人的神魂或靈魂（anima）的核心能力就是認知（cognitio），然而神魂實體雖唯一，認知時運作的方式可以被分為數種，「理性模態」就是其中一種3。而這種運作模態被阿奎那在此節中認為是自然科學或物理學所採用的方法。而本問問題的焦點在於所有科學莫不以推理為本，所以本題需回答的就是物學的理性模態或質測有何獨特之處。為了更好理解本問題，我們可以摘要阿奎那的論證摘要如下：
- 理性有三重義4；
- 理性可以指理論邏輯（logica docens）的推論方法，操作的出發點都是思想存在（原理）5；
- 理性可以指工具邏輯（logica utens）的推論方法，操作的終點都是思想存在（原理）6；
- 理性可以指神魂認知能力的理性模態（mode of reason），理性模態認知由可感可想像因素過渡到可理解因素7；
- 物理學的對象是可感可想像的對象；
- 所以，神魂認知能力的理性模態或是質測，是物理學的專屬方法8。
本題所謂「理性」（rationabilis）的前兩義都跟阿奎那的邏輯（理性科學）相關9。正解中對此二義的討論分別對應阿奎那邏輯學中的「理論邏輯」（logica docens）與「工具邏輯」（logica utens）。簡論之，理論邏輯的研考對象即為第二意向，即是存粹的思想存在。這種對第二意向的研究也就是對人類理性思考過程的研究，有助於釐清人類理性運作的規律並對推論思考形成指導作用，故其拉丁文原意為「指導性」（docens）邏輯。理論邏輯作為對理性運作自身的科學研究，其原理構成都是存粹的思想存在而非心外之物。而所謂工具邏輯即是將邏輯加以應用，明證運算（科學）的原理都必須是由各門科學的恰當原理出發，若是運算是從公有原理或是有待明證的原理出發，所得出的就不是明證科學。不過，這種非明證運算的邏輯推論仍可作為探索科學原理或結論的手段。因此，這種將邏輯方法用於科學研究的做法，就是「使用性」（utens）邏輯。無論是理論邏輯或是工具邏輯，前者的原理是存思想存在，不合於研考物質實體的物理學；後者結論也是思想存在（因為非證為實在），可用於協助物理學（或其他科學）的考察，但是不專於物理學。
理性的第三義為人類神魂定義下的「理性」，也就是人類作為神魂與肉體組成實體下的認知特徵。誠如前文所言，人類認知不如天神需要從可感因素作為起點，一步步從可感推到可理解，阿奎那稱此為「從一個東西到另一個東西10」（de uno in aliud）。在此，阿奎那就區分了人類認知中本於理性模態（推論性認知），而天神的認知本於理智模態（直覺性認知）。而理性模態的推知方式根本上就是從效果推證原因，他又進一步分析了其中的兩種推知，第一種是從附體推知性體。人類作為神魂與肉體的組合，認知必從物質起始。就存在而言，物質對人類認知是最容易理解的，而性體反之；就性體而言，物質則是不易理解的，而性體反之。這樣，人類認知從存在最容易把握的（物質或附性）推知到在性體上最容易被理解的（性體），此為第一種。
其次，是從效果推證外因。理性模態根本上是「從一個東西到另一個東西」，但是兩種東西的分別可以是思想上的分別，也可以是存在上的分別。例如，「人類」與「動物」是思想上的區別，存在上是彼此含攝。但是物理學的推證一個東西（效果）到另一個東西（原因）更可以是在存在上不同的兩物。阿奎那指出數學家乃是從一存在者的定義明證其性體，這種理性模態是都在存粹思想上的操作。例如，圓形可由三角形推證，是因為三角形性體上具備成為圓形的潛能。值得注意的是，阿奎那在此認為物理學的理性模態可由效果推證外因，卻沒有舉出實例。瑪爾指出這裡所謂的外因也就是作用因與目的因。
